Na czele organizacji stała Centralizacja, do której pierwszego składu weszli założyciele organizacji, a po śmierci Michalskiego w 1888 – Henryk GierszyńskiProtokół posiedzeń zjazdu lokalnego członków Rady Tajnej Ligi Narodowej w Genewie dnia 10, 11, 12, 21, 27 i 29 czerwca 1895, [w:] Liga Narodowa 1887–1906. Sprawozdania, odezwy, dokumenty, oprac. Mateusz Werner, Kraków 2015, s. 37–42.. Odbyło się także 5 zjazdów członków Centralizacji i przedstawicieli komitetów działających w poszczególnych zaborach. Według Ustawy Ligi Polskiej na terenie poszczególnych zaborów pracami organizacji miały kierować Komitety Prowincjonalne które miały powołać podporządkowane im Komitety Gubernialne i Powiatowe. W większych skupiskach emigracyjnych przewidziano powołanie Komitetów Zagranicznych. Przy Lidze miał działać Skarb Narodowy który miał finansować przedsięwzięcia polityczne LigiUstawa Ligi Polskiej z grudnia 1887, w: Liga Narodowa 1887–1906. Sprawozdania, odezwy, dokumenty, oprac. Mateusz Werner, Kraków 2015, s. 271, 275–276.. Liga miała być organizacją tajną i trójzaborową.