Obydwa okręty wypłynęły w stronę Filipin i dalej Japonii. 9 lipca, w rejonie wysp Bonin, fregata dostała się w rejon tajfunu. Kilkudniowe sztormowanie zakończyło się złamaniem grotmasztu i koniecznością zawinięcia na archipelag. Tam oczekiwały na „Pałładę” rosyjskie okręty: „Wostok”, korweta „Oliwuca” i transportowiec „Kniaź Mienszikow”. Podczas gdy załogi prowadziły niezbędne naprawy, Jewfimij Putiatin wraz z niektórymi oficerami dokonał na „Oliwucy” kilku rejsów badawczych na pobliskie wyspy. „Pałłada” opuściła archipelag roku, zaś po kolejnych sześciu dniach żeglugi zawinęła do Nagasaki.
Rozpoczęte negocjacje przyszłego traktatu z Japonią były trudne i przeciągane przez stronę japońską. Nie mogąc wpłynąć na ich przyspieszenie, admirał Putiatin wysłał swoją fregatę w kilka rejsów wzdłuż wybrzeża głównych wysp Japonii, wykorzystując je na dokładniejsze poznanie linii brzegowej archipelagu i naniesienie niezbędnych korekt na mapach. W styczniu 1854 roku rosyjska misja przerwała rozmowy (zakończone dopiero rok później podpisaniem traktatu z Shimody) i opuściła Nagasaki. Przez Manilę i wzdłuż brzegów Korei „Pałłada” popłynęła w kierunku Cieśniny Tatarskiej, gdzie spotkała się z „Wostokiem”, z którego otrzymano wiadomość o wybuchu wojny krymskiej. Stamtąd fregata udała się do Imperatorskiej Gawani, gdzie rzuciła kotwicę 22 maja.