Kościół w Studzienicznej zyskał w 1838 rangę filii parafii w Szczebrze. Dzwonnicę zbudowano ok. 1820 r. W związku z rozwojem sanktuarium w roku 1847 powstał nowy drewniany kościół pw. Matki Bożej Szkaplerznej. W miejscu starej drewnianej kaplicy na wyspie zbudowano w 1872 nową murowaną kaplicę Najświętszej Marii Panny. W 1873 powstała w Studzienicznej samodzielna parafia Matki Bożej Szkaplerznej. Pod koniec XIX w. została usypana grobla łącząca wyspę ze stałym lądem. Plebanię zbudowano w 1908.
Również w dwudziestoleciu międzywojennym pielgrzymi masowo przybywali na odpust w Studzienicznej, np. w 1936 do komunii przystąpiło ok. 10 tys. osób, zaś liczbę przybyłych szacowano na kilkadziesiąt tysięcy.
Zarówno w XIX, jak i w XX w. odpusty w Studzienicznej miały charakter nie tylko religijny, ale i patriotyczny. Manifestacje patriotyczne odbywały się m.in. w latach 1861–1862 (w 1861 magistrat w Augustowie wyznaczył urzędników i policjantów do inwigilowania odpustów) oraz 1905–1907. W 1945 żołnierze NKWD aresztowali kilkudziesięciu uczestników. W 1946 w trakcie uroczystości działacze PPR i SL zorganizowali wiec informacyjny. W maju 1989 w uroczystościach brali udział kandydaci Komitetu Obywatelskiego „Solidarność” z woj. suwalskiego w wyborach parlamentarnych (m.in.