w 1933, po reformach ministra Janusza Jędrzejewicza zorganizował z innymi profesorami uniwersytetu tzw. poufny komitet obrony w sprawie autonomii UJ (z Władysławem Natansonem, Stanisławem Kotem, Michałem Godlewskim i Konstantym Michalskim).
Po wybuchu II wojny światowej został aresztowany przez Niemców 6 listopada 1939 w trakcie Sonderaktion Krakau; więziony w Krakowie, Wrocławiu i obozie koncentracyjnym Sachsenhausen, zmarł w obozie w wyniku nieleczonej mocznicy. Pochowany został w grobowcu rodzinnym na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera BA, płd.). mały|Grobowiec rodziny Estreicherów na cmentarzu Rakowickim (2013) mały|płyta nagrobna prof. Stanisława Estreichera mały|Tablica upamiętniająca Stanisława Estreichera w elewacji kamienicy przy ul. Jana Sobieskiego 10 w Krakowie
Praca naukowa W pracy naukowej zajmował się historią prawa niemieckiego i polskiego, historią doktryn politycznych i prawnych, a także bibliografią i edytorstwem. Badał instytucje i zwyczaje sądowe domniemanego pochodzenia frankońskiego (opole, prawiedlnik), interesował się wpływem prawa niemieckiego na Polskę średniowieczną. Wykazał odrębność niektórych zwyczajów prawnych, ukształtowanych w Polsce pod wpływem prawa magdeburskiego (np. frymarku).