Po śmierci jej założyciela władzę sprawowali formalnie kolejno jego synowie. W praktyce krajem rządził jako regent czarnoskóry eunuch rodem z Abisynii – Abu al-Misk Kafur, który w 966 roku sięgnął po pełnię władzy. Za jego rządów kraj musiał odpierać ataki Hamdanidów, którzy zajęli część Syrii. Po śmierci Kafura Egipt został od zachodu najechany i podbity przez nowych zdobywców – szyicką (isma’ilicką) dynastię Fatymidów (969).
Kalifat Fatymidów (969–1169) thumb|280px|right|Najdalszy zasięg władzy Fatymidów
Jakkolwiek Fatymidzi byli zdobywcami, którzy przybyli do Egiptu z Tunezji, szybko przenieśli centrum swego państwa do znacznie bogatszego i bardziej cywilizowanego kraju nad Nilem. Wspaniale rozbudowali wówczas Kair, który dopiero za ich panowania stał się niekwestionowaną stolicą Egiptu i jednym z najważniejszych miast Świata Islamu. Nazwa dynastii pochodzi od Fatimy, córki Mahometa od której wywodzili swe pochodzenie jej członkowie. Państwo Fatymidów było jednym z najpotężniejszych w historii średniowiecznego islamu, a sami Fatymidzi założyli konkurencyjny wobec Bagdadu, szyicki kalifat. W okresie apogeum potęgi Fatymidzi rządzili całą Północną Afryką, od Maroka poprzez Algierię, Tunezję po Egipt oraz Palestyną, Syrią i Al-Hidżazem.