Ponieważ Isma’iliccy władcy tego imperium byli w zdecydowanej mniejszości, cechowała ich daleko posunięta tolerancja – nie tylko w stosunku do wyznawców pozostałych odłamów islamu, ale również wobec chrześcijan i żydów. Fatymidzi swą siłę militarną w Egipcie oparli na armii mameluków – niewolników kipczackich lub kaukaskich.
thumb|200px|left|Meczet Al-Azhar zbudowany w czasach fatymidzkiego władcy Al-Aziza Pierwszym Fatymidą rządzącym Egiptem był Al-Mu'izz, który dokonał jego podboju w roku 969. Był on znany z tolerancji wobec chrześcijan egipskich. Al-Mu’izz podczas swego panowania zdobył również Sycylię i wyprawił się na Syrię, gdzie jednak zmarł w roku 975. Jego następcą został młodszy z synów Al-Aziz (975–996). Kontynuował on podboje ojca opanowując ostatecznie Palestynę i Syrię oraz narzucając zwierzchnictwo Mekce i Medynie. Za jego rządów państwo Fatymidów osiągnęło apogeum swej potęgi, choć zdobycie Syrii miało spowodować szereg konfliktów z Bizancjum i państwami rządzącymi Irakiem (najpierw Hamdanidami, później Turkami Seldżuckimi). Al-Aziz kontynuował politykę tolerancji religijnej zapoczątkowaną przez swego ojca. Wywołał nawet oburzenie wśród muzułmańskich poddanych mianując na wiele ważnych stanowisk żydów i chrześcijan. Jest też znany jako protektor nauki i sztuki.