Za następców Al-Hakima dynastia zaczęła wyraźnie słabnąć. Władcy często byli niepełnoletni, a państwem wstrząsały bunty religijne i społeczne, związane z latami nieurodzajów i wojen. W czasie długiego panowania Al-Mustansira (1036–1094) kraj nękały wystąpienia będących na służbie kalifa wojsk Berberów i Turków. Niszczyły one kanały i urządzenia irygacyjne, co zubożyło Egipt słynący z wysokich zbiorów zbóż. Fatymidzi utracili wówczas kontrolę nad krajem swego pochodzenia – Tunezją (1048). W latach 60. XI stulecia wojna między Berberami i wspierającymi ich wojskami sudańskimi a Turkami przybrała chroniczny charakter. Turcy kontrolowali Kair i dwór kalifa, Berberowie, panoszyli się na prowincji. Upadek znaczenia dynastii przypieczętowały wyprawy krzyżowe i powstanie Królestwa Jerozolimskiego (1099). Sukcesy chrześcijan w Palestynie podważyły fatymidzki prestiż obrońców islamu. Wprawdzie sam Egipt zdołał odeprzeć inwazję wojsk chrześcijańskich, jednak osłabione państwo padło wkrótce ofiarą nowej potęgi w regionie – sunnickiej dynastii Ajjubidów (1169).
Sułtanat Egipski Ajjubidów (1169-1250)