W kwietniu 1941 roku wyjechał do Warszawy, gdzie został oficerem w Wydziale Wyszkolenia III Oddziału Komendy Głównej ZWZ. Był organizatorem i dowódcą batalionu ochrony sztabu „Baszta”, który miał spełniać zadania ochronne Komendy Głównej na wypadek powstania. Równocześnie był wykładowcą na konspiracyjnych kursach podchorążych oraz podoficerskich ZWZ i AK. We wrześniu 1943 roku w związku z przekształceniem batalionu „Baszta” w pułk, został dowódcą jego I batalionu „Bałtyk” i równocześnie inspektorem wyszkolenia pułku „Baszta”, używał wtedy ps. „Kazimierz”.

Od momentu wybuchu powstania warszawskiego dowodzi I batalionem „Bałtyk”, który walczy na Górnym Mokotowie. 27 września 1944 roku na rozkaz p.o. dowódcy Zgrupowania Pułku Baszta majora Kazimierza Szternala przeszedł jako parlamentariusz linię niemiecką i spotkał się z generałem von dem Bach-Zelewskim, gdzie ustalono, że Niemcy w przypadku kapitulacji powstańców gwarantują im prawa kombatanckie. Po powrocie do sztabu mjr Szternala i przekazaniu mu tych informacji, podjął on decyzję o kapitulacji powstańców na terenie Górnego Mokotowa.