Prezydentami organizacji byli: Johann Schober do 1932 Franz Brandl do 1934 Eugen Seydel do 1935 Michael Skubl do 1938 Otto Steinhäusl do 1940 Reinhard Heydrich do 1942 Arthur Nebe do 1943 Ernst Kaltenbrunner do 1945 Florent Louwage do 1956 Agostinho Lourenço do 1960 Richard Jackson do 1963 Fjalar Jarva do 1964 Firmin Franssen do 1968 Paul Dickopf do 1972 William Leonard Higgitt do 1976 Carl Persson do 1980 Jolly Bugarin do 1984 John Simpson do 1988 Ivan Barbot do 1992 Norman Inkster do 1994 Björn Eriksson do 1996 Toshinori Kanemoto do 2000 Jesús Espigares Mira do 2004 Jackie Selebi do 2008 Arturo Herrera Verdugo 2008 (tymczasowo) Khoo Boon Hui do 2012 Mireille Ballestrazzi do 2016 Meng Hongwei do 2018 Kim Jong Yang od 2018 Ahmed Nasser Al-Raisiod 2021

Sekretariat Generalny Sekretariat Generalny z siedzibą w Lyonie jest organem administracyjnym i technicznym Interpolu, odpowiedzialnym za jego sprawne codzienne funkcjonowanie. Na czele stoi Sekretarz Generalny wybierany przez Zgromadzenie Ogólne na wniosek Komitetu Wykonawczego na okres pięciu lat.