6 listopada 1233 r. był miejscem synodu diecezjalnego biskupa kujawskiego Michała, co sugeruje ukończenie prac budowlanych przed tą datą. Ze względu na siedzibę dworu książęcego w Inowrocławiu kościół mógł pełnić rolę kolegiaty od lat 30. XIII wieku aż do roku 1327. W XIV wieku prezbiterium zostało przedłużone w kierunku wschodnim, a półkolista apsyda zastąpiona zamknięciem wielobocznym, opiętym przyporami. Świątynia została przebudowana w stylu gotyckim w XV lub XVI wieku.
W końcu XVI wieku zaczął tracić na znaczeniu, stając się kościołem filialnym. W 1699 r. akta wizytacji kościelnej określiły go jako "bliski ruinie". W 1724 r. pokryto dziurawy dach ceglaną dachówką. W 1779 r. zawaliła się ściana wschodnia prezbiterium z częścią sklepień. W 1792 r. odbudowano częściowo zawaloną wieżę południową i ponownie przebudowano prezbiterium, zamykając je ścianą prostą.