W 1816 r. zamknięto kościół ze względu na grożącą katastrofę budowlaną. Zniszczony w pożarze w grudniu 1834 roku, zamienił się w ruinę, którą pozostawał do 1901 roku. W latach 1900–1902 został poddany rekonstrukcji (z inicjatywy księdza Antoniego Laubitza) według projektu Juliusza Kothego, konserwatora zabytków prowincji poznańskiej. Zgodnie z zasadą jedności stylu usunięto wówczas ślady prezbiterium gotyckiego i przebudowy barokowej, a odtworzono m.in. półkolistą, romańską apsydę.
W 1865 r. spod posadzki budynku kościoła inowrocławskich franciszkanów, który po kasacie zakonu przestał pełnić funkcje sakralne, wydobyto doczesne szczątki pochowanych tam książąt inowrocławskich i ich rodzin, Złożono je na cmentarzu, tuż obok wieży południowej kościoła NMP. W wyniku likwidacji cmentarza i porządkowania okolic kościoła nie zachował się żaden materialny ślad książecych pochówków
W latach międzywojennych był kościołem gimnazjalnym. W czasie okupacji hitlerowcy zamienili zabytek na magazyn mebli i ukradli dzwony. Po wojnie zdewastowaną w 1945 r. budowlę poddano kolejnym renowacjom, poprzedzonym sondażowym badaniom archeologicznym w latach 1950–1952 i oględzinom komisji konserwatorskiej.