Największym przedsiębiorstwem kolejowym w Polsce jest grupa PKP S.A., w skład której wchodzi wiele spółek m.in.: PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. – odpowiedzialna za zarządzanie infrastrukturą, PKP Cargo S.A. – odpowiedzialna za przewozy towarowe, PKP Intercity Sp. z o.o. – obsługująca połączenia „kwalifikowane”, tj. pociągi EC, IC, EIP oraz pasażerskie przewozy międzyregionalne dotowane z budżetu państwa (TLKDo 1 grudnia 2008 międzywojewódzkie pociągi pospieszne obsługiwane były przez PKP Przewozy Regionalne.).
Z grupy PKP S.A. wydzielono i przekazano samorządom województw spółkę Przewozy Regionalne Sp. z o.o., obsługującą głównie pasażerski ruch regionalny i w mniejszym stopniu ruch międzyregionalny. Przewozy Regionalne są aktualnie największym przewoźnikiem pasażerskim w kraju.
W województwie mazowieckim pasażerski ruch regionalny realizują Koleje Mazowieckie, Warszawska Kolej Dojazdowa i warszawska Szybka Kolej Miejska. W odróżnieniu od spółek grupy PKP, są one własnością samorządów.
W Trójmieście i Warszawie istnieją koleje aglomeracyjne poruszające się po torach PLK (SKM).
Na Śląsku obsługę linii przejęły Koleje Śląskie.
Istnieje także wielu przewoźników nie powiązanych z grupą PKP (w tym wielu prywatnych), obsługujących głównie transport towarowy.