W swoim klasztorze zwołał zebranie duchowieństwa, być może również wiernych z czterech najbliższych włości i odebrał od nich przysięgę wierności prawosławiu.
Pragnąc naradzić się w kwestii dalszych działań, ihumen kilkakrotnie udawał się do Perejasławia, do biskupa Gerwazego. Po rozlokowaniu w Śmilańszczyźnie wojsk polskich wystosowano do nich trzy pisma wyrażające zdziwienie z powodu niezwracania uwagi na dyskryminację prawosławnych, czego inspiratorem był najpewniej Melchizedek.
3 sierpnia 1766 powracający do swojego klasztoru Melchizedek został zatrzymany przez unitów po przekroczeniu Dniepru. Przewieziony do Korsunia, był nakłaniany do przejścia na unię; spojony alkoholem opowiedział o wynikach swojej misji w Rosji i w Warszawie. Następnie był przetrzymywany, „poniżany na każdym kroku” w Gródku i w monasterze Trójcy Świętej w Dermaniu. Według jego własnych wspomnień zdołał zbiec dzięki kupcom rosyjskim, razem z którymi dotarł 11 listopada do monasteru Wniebowstąpienia Pańskiego w Perejasławiu.