Aresztowanie ihumena wywołało serię protestów i panikę wśród prawosławnych mnichów w Rzeczypospolitej. Naoczny świadek zatrzymania Melchizedeka, mnich Stefan (Greczka), protestował u regimentarza Ignacego Woronicza. Protestował również biskup Gerwazy (Lincewski). Po swojej ucieczce ihumen nie wrócił do Monasteru Motronińskiego. Pozostał w Perejasławiu i nawiązał kontakty z Kozakami zaporoskimi i dońskimi.
29 stycznia 1768 Melchizedek ponownie przyjechał do Warszawy z manifestem w sprawie sytuacji prawosławnych, inspirowanym przez biskupa mścisławskiego, mohylewskiego i orszańskiego Jerzego. Po dłuższych staraniach (nie uzyskał spodziewanego wsparcia Repnina i biskupa) uzyskał jego wpisanie do ksiąg grodzkich. Uzyskał również od unitów propozycję ugody, połączonej z wynagrodzeniem zarówno Monasterowi Motronińskiemu, jak i sobie doznanych z ich strony krzywd. Ofertę tę odrzucił.