Proces i egzekucja 30 stycznia 1847 w Poznaniu odbył się jego proces. Zarzucano mu udział w spisku i zabójstwo żandarma. Mimo wcześniejszych przesłuchań nie ujawnił żadnych szczegółów swojej misji. Skazano go na śmierć przez rozstrzelanie. Prawdopodobnie generał Friedrich August Peter von Colomb, dowódca V Korpusu Armijnego, podjął decyzję o publicznym wykonaniu wyroku, co miało wystraszyć Polaków i zapobiec działaniom przeciw władzom niemieckim. Wyrok wykonano 1 lutego 1847 na Placu Działowym. Ostatniego namaszczenia udzielił mu ksiądz Grandke. Wydarzeniu towarzyszyły licznie zgromadzone tłumy. Według relacji Włodzimierza Trąmpczyńskiego, słychać było szlochanie, a w momencie strzału głośny krzyk. Sam Babiński zachowywał się godnie i nawet nie drgnął, gdy ujrzał przed sobą wycelowane lufy karabinów.