W 1189 roku podbił królestwo Zety i osadził na jego tronie swego syna Wukana. Po odejściu krzyżowców poniósł jednak klęskę nad Morawą. Bizantyńczycy odzyskali utracone terytoria, uznali jednak w zawartym układzie pokojowym niezależność ziem Stefana Nemanii obejmujących Raszkę, Zetę, albańskie porty Pivot i Hvosno (obec. Metonia) i Kosowe Pole. Układ przypieczętowano małżeństwem drugiego syna Nemanii Stefana z bratanicą cesarza Eudoksją oraz nadaniem synowi Nemanii tytułu sebastokratora, podkreślającego zależność Serbii od Bizancjum .
W 1190 lub 1191 roku, wykorzystując śmierć brata Stracimira, Nemania strącił z tronu humskiego, brata Mirosława I osadził na nim swego młodszego syna Rastka. W ten sposób pod koniec życia zjednoczył ziemie serbskie pod jednym berłem Zdaniem I. Czamańskiej Stefan Nemania podporządkował sobie Hum już w 1181 roku..
Stefan Nemania popierał na swoich ziemiach rozwój kościoła prawosławnego. Wspierał rozwój budownictwa kościelnego. Główną jego fundacją był budowany w latach 1183–1196, monaster w Studenicy (tak zwana: zadužbina), w którym miał być pochowany. Nemania zwalczał w swym państwie popieranych przez świeckich możnowładców bogomiłów zwanych w Serbii babunami.