Protestantów, z racji chrztu i wyznania wiary, uważa za „prawdziwych braci i siostry w wierze w Chrystusa”, jednak zauważa, że zasadnicze różnice w kwestiach takich jak eucharystia, święcenia kapłańskie i biskupie czy samo rozumienie Kościoła nie mogą być ignorowane. Prawdziwa wspólnota kościelna (communio ecclesiarum) jest według Müllera możliwa jedynie na warunkach katolickich – nie jako podporządkowanie, ale jako „wspólnota z papieżem”. Wspólna eucharystia mogłaby mieć miejsce dopiero na końcu takiego ekumenicznego procesu; wyjątki w indywidualnych przypadkach jednak powinny być - za zgodą miejscowego biskupa - możliwe .
Znacznie mniej problemów – z uwagi na podobne rozumienie Kościoła jako jednej, niepodzielnej wspólnoty opartej na sukcesji apostolskiej i zawierającej wiążącą naukę – dostrzega w relacjach z prawosławiem, które określa wprost mianem „Kościoła siostrzanego”.