Dialog międzyreligijny Stosunki żydowsko-chrześcijańskie Müller określa jako „bardzo pozytywne i tak przyjacielskie, jak nigdy dotąd od 2000 lat”. Antysemityzm – zwłaszcza w kontekście marginalnych nurtów w Kościele katolickim, takich jak Bractwo Kapłańskie św. Piusa X – musi być, jego zdaniem, zwalczany bezkompromisowo. W związku z cofnięciem w 2009 roku ekskomuniki biskupa Bractwa Piusa X i skazanego negacjonisty Holokaustu Richarda Williamsona, Müller bronił papieża Benedykta XVI przed krytyką ze strony Centralnej Rady Żydów w Niemczech, choć przyznał, że „sprawa z Williamsonem została niefortunnie rozegrana”.
Uważa, że Islam jako religia w Europie nie może być traktowana tak samo jak religie chrześcijańskie, ponieważ opiera się na innych podstawach historycznych, prawnych i społecznych. Podkreśla przy tym znaczenie chrześcijańskiego systemu wartości dla Europy.