Wraz z jej wyjazdem do Krakowa, po kilku miesiącach istnienia zawiesiła swoją działalność założona przez nią żeńska drużyna robotnicza.
W Krakowie Maria Vetulani w pierwszym miesiącu swych studiów przystąpiła do Polskiej Organizacji Wojskowej. Do organizacji wprowadziła ją Stanisława Czernecka, z którą Maria Vetulani zamieszkiwała wspólnie przu ulicy Czapskich 4. W październiku 1918 roznosiła ulotki nawołujące do rozbrajania żołnierzy austriackich przebywających w mieście, w dniu wyzwolenia wraz ze Stanisławą Czernecką pełniły funkcję kurierek.
Na wieść o toczących się walkach o Lwów, bez powiadomienia rodziny udała się na front, ściąwszy uprzednio włosy i założywszy męskie przebranie, jako że kobiety nie były dopuszczane do walki. Podawała się za studenta Uniwersytetu Jagiellońskiego, Mariana Ipohorskiego (pseudonim utworzyła zamieniając swoje prawdziwe imię na jego formę męską „Marian” oraz przybierając nazwisko panieńskie matki). Później służyła w szeregach żeńskiego batalionu obserwacyjnego „Wicek”. Służąc jako radiotelegrafistka awansowała do rangi kaprala. Po kilku miesiącach służby wojskowej, w wyniku przeziębienia otrzymała od lekarza zalecenie urlopu. Wiosną 1919 została formalnie zwolniona z wojska i powróciła na studia.