MOM przechowywane i przetwarzane w nieodpowiednich warunkach, stanowi potencjalne zagrożenie zdrowotne, dlatego wymagane jest jego szczególne traktowanie podczas całego procesu pozyskiwania i przetwarzania, a także stosowanie wyśrubowanych norm higienicznych, np. schładzanie po jednej godzinie od pozyskania do temperatury 2 °C, a po upływie 12 godzin głębokie zamrażanie (w tej formie może być przechowywane nie dłużej niż 3 miesiące).
Zastosowanie MOM nadaje się głównie do produkcji towarów spożywczych na bazie emulsji (najlepsze do tego celu jest mięso z brojlerów). Mięso tego rodzaju stanowi w największej mierze składnik wędlin mieszanych, konserw i garmażerki. Udział MOM nie powinien przekraczać w: pulpetach, klopsach, pieczeniach – 20%, pasztetach – 40%, kiełbasach gruborozdrobnionych – 5%, kiełbasach średniorozdrobnionych – 10%, kiełbasach drobnorozdrobnionych (np. parówkach) – 15%.
Z uwagi na niską wartość spożywczą mięso oddzielane mechanicznie nie powinno być w zasadzie podawane w dużych ilościach osobom na specjalnych