Struktura Oddział Historyczny.Skupiał on większość członków całego Towarzystwa, kontynuując działalność Towarzystwa Historycznego Obwodu Nadnoteckiego. Do dużych odkryć dokonanych przez członków należą m.in. groby skrzynkowo-kamienne w okolicach Nakła, cmentarzyska z okresu kultury halsztackiej w Zamczysku, cmentarzyska urn koło Fordonu, skarb 2 tys. monet ze Żnina oraz umocnień z okresu przedsłowiańskiego w różnych miejscowościach. Pokaźne zbiory (10,9 tys. eksponatów w 1916 r.) przechowywano prowizorycznie na chórze kościoła klarysek, a rozwiązaniu problemu lokalowego przeszkodził wybuch I wojny światowej. Działalność tego oddziału była głównie prowadzona przez gimnazjalnych nauczycieli historii, prowadzących podstawowe badania regionalne, których wyniki przedstawiali w formie wykładów i sprawozdań.
Akademia Śpiewu.Był to drugi co do wielkości oddział Towarzystwa. Przy jego zakładaniu przyłączyły się m.in. Bydgoskie Towarzystwo Orkiestrowe (zał. 1896), Bydgoskie Towarzystwo Śpiewu (zał. 1898) i chór mieszany. Do tradycji należały regularne koncerty organizowane przez Akademię przy pomocy miejscowych i zaproszonych artystów.
Oddział Literatury.Założył go w 1903 r. kierownik Biblioteki Miejskiej Georg Minde-Pouet. Liczba członków wzrosła z 173 do 523 w 1914 r.