Kwestie bezpieczeństwa Większość narzędzi programowych do pełnego szyfrowania dysku jest podatna na cold boot attack. Nawet użycie modułu TPM nie jest skutecznym zabezpieczeniem przeciw temu atakowi, ponieważ system operacyjny musi trzymać klucze szyfrujące w pamięci, aby uzyskiwać dostęp do danych na dysku. Poza tym wszystkie rozwiązania programowe są podatne na różnego rodzaju ataki typu „side-channel”, takie jak kryptoanaliza akustyczna lub keyloggery sprzętowe.
Korzyści wynikające z pełnego szyfrowania dysku Pełne szyfrowanie dysku ma kilka zalet w porównaniu z szyfrowaniem pojedynczych plików i folderów (szyfrowania na poziomie systemu plików) lub zaszyfrowanymi kontenerami: Cała zawartość dysku, włącznie z przestrzenią wymiany i plikami tymczasowymi jest zaszyfrowana (ale oprócz programu ładującego w przypadku rozwiązań programowych). Jest to ważne, ponieważ te obszary dysku mogą zawierać potencjalnie poufne informacje. W przypadku pełnego szyfrowania dysku decyzja które pliki zaszyfrować nie jest pozostawiona rozwadze użytkownika. Jest to ważne w sytuacjach, kiedy użytkownik może nie chcieć lub może zapomnieć zaszyfrować poufne pliki. Zwykłe zniszczenie kluczy kryptograficznych sprawia, że przechowywane dane stają się natychmiast bezużyteczne.