Jednakże w przypadku, gdy przypuszcza się ataki na zaszyfrowane dane w przyszłości, wymazywanie danych lub fizyczne zniszczenie dysku jest wskazane.
Problem klucza startowego Jedną z kwestii związanych z pełnym szyfrowaniem dysku jest to, że obszar dysku zawierający system operacyjny musi być odszyfrowany zanim system operacyjny wystartuje, co oznacza, że klucz szyfrujący musi być dostępny zanim może być uruchomiony interfejs użytkownika aby zapytać użytkownika o hasło. Większość programowych narzędzi do pełnego szyfrowania dysku używa mechanizmu przedstartowego uwierzytelniania (ang. Pre-Boot Authentication) ładując niewielki, wysoce bezpieczny system operacyjny który jest bardzo mocno ograniczony i zabezpieczony przed modyfikacją. Niektóre implementacje, takie jak BitLocker mogą wykorzystać sprzęt taki jak Trusted Platform Module (TPM) aby zapewnić integralność środowiska startowego i dzięki temu zapobiec atakom skierowanym na program ładujący wykorzystującym bootkit mającym na celu zastąpienie programu ładującego jego zmodyfikowaną wersją.