Elektron wtórny thumb|Rys. 2. Emisja SE Elektron wtórny (SE, z ang. secondary electron) – niskoenergetyczny elektron (umownie o energii kinetycznej mniejszej niż 50 eV), najczęściej wybity z atomów położonych najbliżej powierzchni materiału (rys. 2) w zjawisku zwanym emisją wtórną. Elektronami wtórnymi nie muszą być tylko elektrony wybite na skutek zderzenia niesprężystego, ale również mogą to być elektrony pochodzące z wiązki pierwotnej, które utraciły większość swojej energii w wyniku rozproszenia i jednocześnie wydostały się z powierzchni, trafiając do detektora. Liczba elektronów SE jest bardzo duża w stosunku do liczby elektronów wstecznie rozproszonych. Wydajność emisji SE silnie zależy od wielkości napięcia przyspieszającego. Wyróżnia się dwa podtypy elektronów wtórnych: SE I – wyemitowane w wyniku oddziaływania wiązki pierwotnej na elektrony próbki, SE II – wyemitowane w wyniku oddziaływania elektronów próbki z elektronami wstecznie rozproszonymi.
Elektron wstecznie rozproszony thumb|80px|Rys. 3. Emisja BSE Elektron wstecznie rozproszony (BSE, z ang.