10 maja 1923 Bazyli (Prieobrażenski) został aresztowany i skazany na dwuletnie zesłanie do wsi Ust-Kułom w Kraju Zyriańskim. W 1925 wrócił do Kineszmy. W 1926 przeniósł się do wsi Anapol, skąd pochodził jego duchowy uczeń i towarzysz na zsyłce, Aleksandr Czumakow. W kolejnych latach odbył pielgrzymkę do monasteru w Sarowie i Diwiejewie. W Niżnym Nowogrodzie spotkał się z locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego Sergiuszem (Stragorodskim), który nadał mu godność biskupa wiaznikowskiego, wikariusza eparchii jekaterynburskiej.
W 1927, po krótkim pobycie w Kineszmie, Bazyli (Prieobrażenski) przeniósł się do Kostromy, gdzie mieszkał przez rok. Utrzymywał kontakty korespondencyjne ze swoimi uczniami duchowymi. W 1928 spotkał się w Jarosławiu z metropolitą Agatangelem (Prieobrażenskim), który zaproponował mu pozostanie w mieście w charakterze jego biskupa pomocniczego, na co Bazyli się nie zgodził. Po powrocie do Kineszmy został tam aresztowany we wrześniu 1928. Po półtorarocznym pobycie w więzieniu został ostatecznie skazany na trzy lata zsyłki do wsi Małorieczka w rejonie taborowskim, gdzie pracował przy wyrębie lasu. Po odbyciu kary wyjechał do Orła. Tam w marcu 1933 został aresztowany i skazany na pięć lat łagru.