W styczniu 1938 duchowny został zwolniony. Zamieszkał w Rybińsku, gdzie wcześniej odbywał karę. Następnie przeniósł się do wsi Kotowo, gdzie służył w miejscowej cerkwi parafialnej.
5 lutego 1943 Bazyli (Prieobrażenski) został ponownie aresztowany i poddany ciężkiemu śledztwu w więzieniu w Jarosławiu. Był już wówczas ciężko chory na serce. Przewieziony w styczniu 1944 do Moskwy, do więzienia na Butyrkach, został początkowo skierowany do szpitala, jednak następnie śledztwo wznowiono, zaś w lipcu skazano hierarchę na pięć lat zsyłki. Już po ogłoszeniu wyroku duchowny przeszedł zawał serca. Zesłany do Kraju Krasnojarskiego, zmarł 13 sierpnia 1945.
W 1985 jego szczątki zostały przewiezione do monasteru Wprowadzenia Matki Bożej do Świątyni w Iwanowie, zaś w 1993 biskup Bazyli został ogłoszony świętym jako św. Bazyli Kineszemski. W 2013 jego imię nie pojawiło się w kalendarzu liturgicznym Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego na bieżący rok. Fakt ten nie został skomentowany przez przedstawicieli Patriarchatu Moskiewskiego odpowiedzialnych za kanonizacje i kult