W 605 p.n.e. miasto zajął król babiloński Nabuchodonozor II. W 539 p.n.e. miasto odbudowano, ale w czasie swojej kampanii zdobył je król macedoński Aleksander III Macedoński. Zmieniono wówczas nazwę z Aszdod na Izotus (łac. Azotus). Podczas powstania Machabeuszów miasto zdobył żydowski przywódca Juda Machabeusz. Jego brat Jonatan w 147 p.n.e. zburzył tutejszą świątynię Dagona. W następnych latach odbudowano mury obronne i miasto zaczęło podnosić się z upadku. Pomimo swojej lokalizacji w odległości 6 km od wybrzeża, zarówno Klaudiusz Ptolemeusz, jak i Józef Flawiusz opisali Aszdod jako miasto nadmorskie. Być może wiązało się to z faktem, że Aszdod kontrolowało pobliskie wybrzeże, na którym znajdował się port Azotus Paraliyus.
Średniowiecze thumb|left|Pozostałości twierdzy Aszdod Miasto utrzymywało swoje duże znaczenie aż do VII wieku, gdy Arabowie wybudowali cytadelę przy porcie Azotus Paraliyus. Była to twierdza broniąca wybrzeże przed działaniami floty Bizancjum. W X wieku Aszdod znalazło się pod panowaniem Fatymidów. Była to jednak niewielka wieś, położona w strategicznym miejscu, na pomoście pomiędzy Europą a Afryką.