zdobyta tam wiedza miała mu umożliwić zarządzanie majątkiem rodziny. Początkowo mieszkali wraz z bratem w domach okolicznych wieśniaków lub mieszczan, a na drugim roku wynajęli stancję u jednego z profesorów. Oprócz przedmiotów ogólnych, zgłębiali zagadnienia takie jak: botanika, ogrodnictwo, pszczelarstwo, czy zoologia; Józef jednak w ogóle nie czuł zapału do tego kierunku studiów. Bracia Kalinowscy angażowali się w działalność koła studenckiego. Brak styczności z osobami duchownymi czy jakiegokolwiek ośrodka duchowości sprawiał, że życie religijne studentów podupadało. W 1852 roku Kalinowski za zgodą ojca zrezygnował ze studiowania rolnictwa.
Na początku 1853 roku Kalinowski wyjechał do Petersburga, przez pół roku przygotowywał się do podjęcia studiów, a następnie podjął dalszą naukę w Mikołajewskiej Szkole Inżynieryjnej, w której uczyło się dużo Polaków (początkowo zamierzał wstąpić do Szkoły Dróg i Mostów, ale nie został przyjęty z powodu braku miejsc). Program nauczania był przesycony problematyką militarną, w szkole panowała ostra dyscyplina wojskowa (Kalinowski znosił ją z wielkim trudem, jednego razu otrzymał trzy dni aresztu), a młodsi studenci musieli usługiwać starszym, co jednak nie dotyczyło Kalinowskiego, gdyż został on przydzielony do starszego rocznika.