Podobnie jak na wcześniejszych etapach edukacji, największe zdolności i zainteresowania wykazywał w kierunku przedmiotów teoretycznych, technicznych i inżynierskich. Słabiej radził sobie z musztrą i fechtunkiem. Ukończywszy ją w 1855 roku ze stopniem „nadzwyczaj celującym”, zdobył tytuł zawodowy i stopień inżyniera-podchorążego, po czym kontynuował studia na tejże uczelni, w wyższych klasach, zwanych Akademią Inżynierii Wojskowej. Otrzymał wówczas od uczelni propozycję wzięcia udziału w obronie oblężonego Sewastopola, ale nie skorzystał z niej. Gdy Anglicy zagrażali Petersburgowi od Bałtyku, wraz z innymi uczniami szkoły sypał szańce na wyspie Kronsztad, u ujścia Newy. Udzielał korepetycji (był asystentem) z matematyki oraz mechaniki budowlanej. thumb|Józef Kalinowski, oficer rosyjskiego wojska thumb|Tu w Petersburgu mieściła się wojskowa uczelnia, gdzie studiował młody Józef 4 lipca 1856 roku otrzymał awans na podporucznika i przeniesienie do oddziału praktycznego Akademii. 23 czerwca 1857 roku został adiunktem matematyki na Akademii, a 5 lipca został awansowany na porucznika, a tym samym wszedł do służby czynnej w Korpusie Inżynierskim Akademii i został stałym wykładowcą tejże uczelni. Nie odczuwał jednak zapału do pracy dydaktycznej i szczegółowych badań naukowych.