W początkowym okresie prawo do ewangelizowania Chin mieli tylko jezuici, ale z czasem zaczęły napływać tam również i inne zgromadzenia zakonne. W 1654 w Manili został wyświęcony pierwszy chiński ksiądz. Wśród misjonarzy działających w tym okresie na terytorium Chin był m.in. Polak – Jan Mikołaj Smogulecki. Do roku 1720 liczba katolików w Chinach osiągnęła około pół miliona.
Spór akomodacyjny
Gdy do Chin dotarli zakonnicy innych zgromadzeń doszło do sporu w zakresie metod ewangelizacyjnych. Jezuici podobnie jak w Indiach stosowali akomodację. Z kolei misjonarze hiszpańscy z zakonów żebraczych (franciszkanie i dominikanie) preferowali metody tradycyjne. Od 1645 roku w spór została wmieszana Stolica Apostolska, która pod wpływem pism dominikańskich i franciszkańskich początkowo wprowadziła zakaz stosowania akomodacji. Został on częściowo uchylony przez Klemensa IX w 1669 roku. Spór zaostrzył się gdy do Chin trafił legat papieski Karol de Tournon. Zabronił on stosowania akomodacji i w wyniku sporu z cesarzem został uwięziony w Makau, gdzie zmarł. W odpowiedzi papież Klemens XI zakazał stosowania akomodacji, cesarz zaś zabronił propagowania chrześcijaństwa w Chinach rozpoczynając okres krwawych prześladowańks.