W swojej pierwszej obronie tytułu, 24 września 2011 roku na gali UFC 135, pokonał przez poddanie byłego mistrza wagi półciężkiej, Quintona Jacksona. Od samego początku kontrolował walkę, wykorzystując przewagę warunków fizycznych oraz wykonując efektowne niskie i wysokie kopnięcia. W 4. rundzie, po uzyskaniu obalenia, poddał rywala, dusząc go zza pleców. 10 grudnia 2011 roku na UFC 140 po raz drugi obronił pas mistrzowski, poddając Brazylijczyka Lyoto Machidę duszeniem gilotynowym.
21 kwietnia 2012 na gali UFC 145, w trzeciej obronie tytułu wygrał przez jednogłośną decyzję ze swoim byłym sparingpartnerem, Rashadem Evansem – była to pierwsza walka Jonesa trwająca 5 rund.
Kolejnym jego przeciwnikiem miał być Dan Henderson gali UFC 151, ale Henderson nie mógł wystąpić z uwagi na kontuzję kolana nabytą siedem dni przed galą. Chael Sonnen jako jedyny zaproponował, że pomimo krótkiego okresu będzie walczył z Jonem Jonesem, ale Jones odmówił, tłumacząc, że nie jest to dobre dla jego kariery. Z powodu odmowy Jonesa galę UFC 151 odwołano. Jones przyjął ofertę walki z Vitorem Belfortem na UFC 152 i ostatecznie zwyciężył przez poddanie (klucz na rękę – americana) w 4. rundzie.