W 1959 roku zakłady włączono do Zjednoczenia Przemysłu Farmaceutycznego "Polfa".
Okres PRL (1959–1989) W latach 60. intensywnie rozwijała się produkcja substancji czynnych, a w ślad za nią produkcja form gotowych – tabletek i leków ampułkowanych. Rozbudowano również Zakładowe Laboratorium Badawcze. W 1967 roku w Polpharmie opracowano metronidazol – lek o działaniu przeciwbakteryjnym i przeciwpierwotniakowym. W latach 70. firma unowocześniła infrastrukturę produkcyjną. Szczyt możliwości produkcyjnych zakłady osiągnęły w tym okresie – w 1980 roku firma zatrudniała ponad 3000 pracowników i wyprodukowała rekordowe 2,7 mld tabletek, z czego połowa trafiała na eksport do 60 krajów na wszystkich kontynentach. W latach 80. popularnym produktem stała się również przeciwbólowa etopiryna.
Transformacja i prywatyzacja (1989–2000) 1 grudnia 1995 roku firmie przywrócono historyczną nazwę "Polpharma", przekształcając ją jednocześnie w jednoosobową spółkę Polpharma SA, będącą własnością Skarbu Państwa. W 1998 roku rozpoczęto budowę nowego budynku do produkcji stałych form leków – obiekt powstał we współpracy międzynarodowej ekipy i stał się jedną z najnowocześniejszych fabryk farmaceutycznych w Europie.