Prywatyzacja spółki nastąpiła 20 lipca 2000 roku – pakiet 52,5% akcji sprzedano za ponad 231 mln zł krajowym inwestorom: spółce Spectra Management (42,5% akcji), kontrolowanej przez Jerzego Staraka, oraz Prokom Investments (10% akcji). Początkowo w konsorcjum uczestniczyły również TUiR Warta (powiązana z Janem Kulczykiem) oraz Polsat (Zygmunta Solorza-Żaka), jednak obaj inwestorzy wycofali się przed sfinalizowaniem transakcji. Jednocześnie dokonano podwyższenia kapitałów spółki o 100 mln zł z przeznaczeniem na inwestycje. W momencie prywatyzacji firma osiągała blisko pół miliarda złotych przychodów rocznie przy ponad 60 mln zł zysku, co dawało jej jeden z najwyższych wskaźników rentowności w branży.
Rozwój i ekspansja (2000–2019) W 2000 roku na Litwie powstało pierwsze zagraniczne przedstawicielstwo Polpharmy. W 2001 roku powołano Polpharma Biuro Handlowe Sp. z o.o. z siedzibą w Warszawie, odpowiedzialne za promocję produktów i sprzedaż leków. Otwarto również przedstawicielstwa w Moskwie (obsługujące Rosję i kraje byłego ZSRR) oraz na Ukrainie.