W tym samym roku utworzono Naukową Fundację Polpharmy, finansującą projekty badawcze w dziedzinie farmacji i medycyny.
W 2002 roku rozpoczął się Ogólnopolski Program Prewencji Choroby Wieńcowej Polscreen – największe badanie populacyjne tego typu na świecie, opracowane przez Komisję Profilaktyki Polskiego Towarzystwa Kardiologicznego i realizowane z grantu Polpharmy w latach 2002–2005. W 2004 roku oddano do eksploatacji nowoczesne Centrum Badawczo-Rozwojowe i Laboratorium Kontroli Jakości, spełniające wymogi Dobrej Praktyki Laboratoryjnej (GLP) – jeden z największych ośrodków tego typu w Europie Środkowo-Wschodniej. W tym samym roku otwarto Centrum Logistyczne zgodne z wymogami Dobrej Praktyki Dystrybucyjnej (GDP). W 2005 roku uruchomiono nowy budynek ampułkarni o zdolności produkcyjnej do 50 mln ampułek szklanych rocznie oraz centrum szkoleniowo-administracyjne w Starogardzie Gdańskim.