Aktualizacja 2001 Japoński i australijski Kluger od początku otrzymał konsolę środkową zintegrowaną z deską rozdzielczą, podczas gdy północnoamerykański Highlander początkowo nie miał tej zintegrowanej konsoli środkowej. Zmianę tę wprowadzono do niego w USA oraz w Kanadzie w wersji Limited w 2001 roku w roczniku 2002, zaś we wszystkich wersjach w Kanadzie w 2003 roku w roczniku 2004. We wczesnych Highlanderach mniejsza, niezintegrowana, samodzielna konsola środkowa była dostępna jako opcja, montowana fabrycznie lub przez dealera.
Aktualizacja 2003 W 2003 roku, w modelu na rok 2004, Highlander z silnikiem V6 o pojemności 3,3 litra otrzymał nową pięciobiegową automatyczną skrzynię biegów, zastępującą czterobiegową automatyczną skrzynię biegów. Czterocylindrowy silnik nadal był sparowany ze starą czterobiegową skrzynią. W tym samym roku wprowadzono również opcjonalny trzeci rząd siedzeń dla dwóch osób. Konsola środkowa, która wcześniej była zarezerwowana wyłącznie dla najwyższego poziomu wyposażenia, stała się teraz standardem we wszystkich wersjach wyposażenia. Konstrukcja samonośna została nieznacznie zmodyfikowana za siedzeniami drugiego rzędu, aby uwzględnić wgłębienie w podłodze bagażnika, w którym można było umieścić opcjonalne siedzenia trzeciego rzędu.