W modelach bez siedzeń w trzecim rzędzie to zagłębienie zostało przekształcone w schowek. Subtelne zmiany w przednim grillu, przednich i tylnych zderzakach, reflektorach i tylnych światłach (tylne światła LED pojawiły się w późniejszych wersjach hybrydowych) dopełniają główne zmiany w ramach faceliftingu 2003.
Aktualizacja 2005 Od 2005 roku Highlandery sprzedawane w Kanadzie były oferowane tylko z silnikiem V6 i z napędem na wszystkie koła. Debiutująca w 2005 roku wersja hybrydowa była dostępna z automatycznie załączanym napędem na cztery koła, który Toyota określa jako 4WD-i, przy czym tylne koła napędzane są oddzielnym silnikiem elektrycznym.
Bezpieczeństwo ABS, wspomaganie hamowania i elektroniczny rozdział siły hamowania były standardem, a kontrola stabilności pojazdu i kontrola trakcji były dostępne jako opcja w rocznikach 2001–2003 i stały się standardem w roczniku 2004 (hybrydy są standardowo wyposażone w system zintegrowanego zarządzania dynamiką pojazdu VDIM). Standardem w 2004 roku był również monitor ciśnienia w oponach. Zamontowane z przodu boczne poduszki powietrzne były opcjonalne w modelach z roczników 2001–2006, natomiast boczne kurtynowe poduszki powietrzne z przodu i dla drugiego rzędu były opcjonalne w modelach z roczników 2004–2006.