Boczne poduszki powietrzne stały się standardem w modelach z rocznika 2007, a kurtyny powietrzne również zyskały w tym roku czujnik dachowania.
W testach zderzeniowych amerykańskiego Insurance Institute for Highway Safety (IIHS) Highlander otrzymał najwyższą ocenę „dobry” w teście zderzeniowym czołowego z przesunięciem. IIHS podało, że Highlander miał jeden z najniższych wskaźników śmiertelności wśród kierowców wśród wszystkich pojazdów, a wśród SUV-ów tylko Toyota 4Runner miała niższy wskaźnik śmiertelności wśród kierowców. W raporcie przeanalizowano pojazdy z roczników modelowych 2001–2005 w Stanach Zjednoczonych.
Highlander Hybrid (MHU28, 2005) Wersja hybrydowa, Highlander Hybrid, zadebiutowała w 2005 roku. Samochód był napędzany układem Hybrid Synergy Drive opartym na 3,3-litrowym silniku V6 3MZ-FE. Model był oferowany w wersji FWD lub AWD. Hybrydowy układ napędowy został zaprezentowany na North American International Auto Show w 2004 roku i wprowadzono go na rynek w lipcu 2005 roku jako model z rocznika 2006. Pompę wspomagania układu kierowniczego, pompę cieczy chłodzącej i sprężarkę klimatyzacji zmieniono z napędu pasowego na napędzany elektrycznie. Do układu hybrydowego włączono zmodyfikowany alternator.