Esej o znaczeniu kultu maryjnego (1957) – traktat o antropologii chrześcijańskiej. Kościół Boży: mistyczne ciało Chrystusa i świątynia Ducha (1970) – traktat eklezjologicznyPolskie wydanie: Warszawa, Pax 1977. Wszechświat (1982) – traktat kosmologii łaski Tematyka drugiej trylogii obraca się w ramach traktatu o Trójcy Świętej: Syn wieczny (1974), Ojciec niewidzialny (1976) Pocieszyciel, Duch Święty i życie łaski (1980)
Trzecia trylogia powstała w ostatnim okresie aktywności pisarskiej Bouyera, naznaczonym fascynacją twórczością Siergieja Bułgakowa i pogorszeniem się zdrowia, szczególnie problemami ze wzrokiem: Mysterion (1986) Gnosis (1988) Sophia (1994)
Bouyer wydał też monumentalny Dictionnaire théologique (1963, wyd. poszerzone 1990). Pisał także w chwilach wolnych, dla rozerwania się, opowiadania humorystyczne. Wydawał je pod pseudonimami. Są to następujące tytuły: J. Thovenot, Alceste, Paryż 1941; G. Chardin, Les Eaux belles, Paryż 1959; L. Lambert, Prélude à l'Apocalypse ou les Derniers Chevaliers du Graal, Limoges 1982;