W 2003 odzyskał stanowisko zastępcy szefa stanowej LPA, pozostając jednocześnie ministrem zdrowia w gabinecie cieni. Kiedy w 2005 stanowy lider LPA John Brogden podał się do dymisji, po skandalu na tle obyczajowym, Farrell był początkowo wymieniany jako najpoważniejszy kandydat do następstwa po nim. Dzień po swej dymisji Brogden dokonał nieudanej próby samobójczej, po której głęboko wstrząśnięty Farrell zrezygnował z kandydowania na lideraAndrew Clennell, Robert Wainwright, Leadership fight to be cliffhanger, „Sydney Morning Herald”, , 2005-08-31 [dostęp 2011-04-02]. Nowym liderem został Peter Debnam, a Farrell zadowolił się stanowiskiem ministra transportu i dróg wodnych w jego gabinecie cieni. W 2006 został przeniesiony na wyższe stanowisko ministra skarbu w gabinecie cieni.
Stanowy lider LPA i premier W 2007 LPA kolejny raz przegrała wybory stanowe. Wkrótce potem Farrel zmusił Debnama do dymisji, otwarcie grożąc wewnątrzpartyjnym przewrotemO’Farrell to challenge Debnam, ABC News, , 2007-03-26 [dostęp 2011-04-02] i sam został wybrany na stanowisko lidera LPA w Nowej Południowej Walii i zarazem lidera opozycji w parlamencie stanowym.