Od października 1989 do listopada 1990 był pierwszym hierarchą Ukraińskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego, nosząc od czerwca 1990 tytuł metropolity lwowskiego i halickiego, locum tenens Patriarchatu Kijowskiego. W lutym 1992 sobór biskupów Ukraińskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego usunął go z tegoż Kościoła za bezprawne zdaniem jego członków nałożenie zakazu odprawiania nabożeństw na ks. Włodzimierza (Jaremę) i innych kapłanów. Decyzję tę potwierdził kolejny Synod Kościoła w kwietniu tego samego roku. Przez cały okres swojego działania w Kościele Autokefalicznym Jan (Bondarczuk) nie pozyskał zaufania innych jego działaczy, którzy podejrzewali go o współpracę z KGB. W związku z tym na przełomie kwietnia i maja 1992 Jan (Bondarczuk) zadeklarował skruchę z powodu swojego udziału w tworzeniu Kościoła Autokefalicznego, twierdził również, iż do tego rodzaju działań popchnęły go szykany ze strony metropolity kijowskiego Filareta. W maju 1993 Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poinformował, iż kwestię ewentualnego ponownego przyjęcia duchownego do Kościoła rozpatrzy Sobór Lokalny. Jednak jeszcze przed jego zwołaniem Jan (Bondarczuk) zadeklarował przystąpienie do Ukraińskiego Kościoła Prawosławnego Patriarchatu Kijowskiego, gdzie objął początkowo katedrę drohobycką i samborską, następnie zaś wołyńską.