ponadto nie czyniono duchownemu problemów, by ten udał się na leczenie. Ostatecznie, w związku z otrzymanymi dokumentami potwierdzającymi ciężką chorobę duchownego, biskup Jan został przeniesiony w stan spoczynku z wyznaczeniem pensji na cele dalszego leczenia oraz z zapowiedzią ponownego powierzenia kierownictwa jednej z eparchii po jego zakończeniu. Jednak już pięć dni później duchowny po raz kolejny napisał do Synodu, tym razem prosząc o przywrócenie do czynnego duszpasterstwa, zaś krótko po tym, nie czekając na odpowiedź, wbrew kanonom wyświęcił diakona, w czasie ceremonii określając siebie jako "pierwszego hierarchę Ukraińskiego Autokefalicznego Apostolskiego Prawosławnego Kościoła obrządku grecko-ukraińskiego". 1 października 1989 poinformował publicznie o wystąpieniu z jurysdykcji Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, za co 14 listopada tego samego roku został pozbawiony święceń kapłańskich i usunięty ze stanu zakonnego za doprowadzenie do rozłamu w Kościele prawosławnym.