1 listopada przyjęty został do pracy w Bibliotece UniwersyteckiejMirosław A. Supruniuk, Stefan Czaja: między teorią a praktyką pracy bibliotekarza, [w:] Stefan Czaja – in memoriam, [oprac. Dominika Czyżak i Joanna Krasnodębska]. Toruń 2004, s. 18., z którą związał się na całe życie. W Toruniu też założył rodzinę zawierając w 1969 r. związek małżeński z Elżbietą Nowak, w roku 1984 urodziła się córka Agnieszka.
Przez prawie 36 lat przeszedł całą drogę zawodową, od młodszego bibliotekarza do starszego kustosza dyplomowanego oraz od szeregowego pracownika do funkcji dyrektora Biblioteki Uniwersyteckiej. W początkowym okresie pracy, jako młodszy bibliotekarz odbył praktykę w poszczególnych Oddziałach Biblioteki (1967–1969), następnie przez dwa lata prowadził Referat Egzemplarza Obowiązkowego. W 1971 r. został bibliotekarzem oraz kierownikiem, największego w Bibliotece, Oddziału Magazynów i Konserwacji Zbiorów. Był wtedy najmłodszym wśród pracujących w tamtym czasie kierowników. Doceniając jego kompetencje i zaangażowanie, dyrektor Maria Puciatowa powierzyła mu opracowanie projektu operacji przeprowadzki zbiorów z budynku ówczesnej biblioteki przy ul. Chopina do nowego budynku na Bielanach. S. Cz. z tego zadania wywiązał się wzorowo. W marcu 1973 r.