Zasady wybierania pastora, starszych i diakonów regulowane są przez statut Kościoła.
W chwili obecnej Kościół liczy 59 zborów oraz 5 misji. Zbory rozsiane są po całym terytorium Polski, choć daje się zaobserwować, iż na wschodzie kraju jest ich mniej niż w pozostałych regionach.
Najwyższą władzą Kościoła jest zbierający się raz na 5 lat Synod. W czasie trwania Synodu podejmowane są uchwały mające znaczenie dla całego Kościoła. Organem posiadającym podobne uprawnienia ustawodawcze jest Kolegium Pastorów. Stanowi on ciało doradcze w sprawach duchowych a należą do niego wszyscy pastorzy zborów należących do Kościoła. Kolegium Pastorów zwoływane jest dwa razy w roku na dwudniowe spotkanie, podczas którego czas poświęcony jest na omówienie bieżących wydarzeń, poczynienie stosownych ustaleń oraz wspólną modlitwę. Na co dzień pracę Kościoła koordynuje Rada Kościoła wybierana przez Synod. W skład Rady wchodzi Prezbiter Naczelny, dwóch jego zastępców oraz dwóch członków Rady. Obecnie Prezbiterem naczelnym jest pastor Andrzej Nędzusiak. Kościół Boży w Chrystusie przyjął kongregacyjną strukturę działania.