Głównym jej założeniem jest autonomia poszczególnych zborów i ich niezależność nie tylko od władzy państwowej (z zachowaniem obowiązującego prawa), lecz także od jakiejkolwiek kościelnej centrali.
Zbory Kościoła Bożego w Chrystusie thumb|200px|Siedziba Wspólnoty „Jestem” w Elblągu Do Kościoła należą następujące zbory i placówki}:
Misje i Agendy Chrześcijańska Misja Pomocy Dzieciom w WarszawieChrześcijańska Misja Pomocy Dzieciom w Warszawie Misja Pomocy Uzależnionym „Przemiana” w Kole Misja Przyjaciół Dzieci w KaliszuMisja Przyjaciół Dzieci w Kaliszu Misja „Pielgrzym” w Łodzi Ośrodek „Nowy Początek” w Warszawie Misja Kerygma w WarszawieMisja Kerygma w Warszawie
Statystyki i rozwój liczebny W 1988, w chwili rejestracji kościół składał się z czterech zborów, w: Warszawie, Hajnówce, Olecku i Gołdapi. Jeszcze tego samego roku do kościoła przyłączyły się zbory we Wrocławiu i Szczecinie. Kościół liczył wtedy około 400 osób. W 2000 roku kościół liczył 1656 osób w 28 zborach, 2011 roku kościół liczył 4140 osób skupionych w 63 zborach.