W 1797 w związku z desantem brytyjskiego korpusu ekspedycyjnego w Portugalii masoneria odzyskała swą pozycję: w 1798 założona w Lizbonie 4 loże brytyjskie podporządkowane Wielkiej Loży Londynu, z których jedna (nr 315) skupiała również cywili i Portugalczyków. Właśnie loża „União” (port. „Związek”, „Unia”) dała podwaliny pod budowę narodowej masonerii w Portugalii.
Powstanie Wielkiego Wschodu Luzytanii left|thumb|250px|Jednym z najbardziej znanych masonów był w Portugalii Sebastião José de Carvalho e Melo znany bardziej jako markiz Pombal.
W wyniku wzrostu lóż wolnomularskich na terenie Portugalii zaszła potrzeba założenia odrębnej obediencji. W 1801 roku w domu Gomes Freire de Andrade nastąpiło zebranie około 200 masonów, na którym postanowiono o powołaniu do życia Wielkiej Loży lub Wielkiego Wschodu Portugalii w miejsce Komisji Urzędowej (Comissão de Expediente) złożonej z sześciu członków, która dotychczas sprawowała nadzór nad lożami. Negocjacje nad powstaniem obediencji prowadził w Londynie Hipólito José da Costa. W 1804 roku odbyło się pierwsze zebranie, na którym wybrano wielkiego mistrza: sędziego sądu apelacyjnego Sebastião José de São Paio de Melo e Castro Lusignana (wnuka markiza Pombala). W 1806 uchwalono pierwszą konstytucję masońską.