Liczba wolnomularzy wynosiła wówczas około 200 osób, gremiolusitano.eu [dostęp: 20 stycznia 2011] .
Masoneria była prześladowana tak przez władze portugalskie, które oskarżały ją o zdradę stanu, jak i przez interwentów francuskich. Kolejna fala represji przyszła w latach 1809–1810, jednak wkrótce zakon się odrodził: powstały m.in. loże w Lizbonie i Santarém. W 1817 nastąpiły kolejne prześladowania, w wyniku których stracony został wielki mistrz Gomes Freire de Andrade (za udział w konspiracji antypaństwowej). Prawo z 1818 zakazywało działalności wszystkich tajnych towarzystw, nawet pod groźbą konfiskaty mienia lub kary śmierci. Wolnomularstwo portugalskie zeszło do podziemia. Podczas rewolucji liberalnej w 1820 znaczną część konspiratorów stanowili masoni. W wyniku zmian politycznych masoneria została zalegalizowana, a liczba lóż wzrosła zarówno w stolicy, jak i na prowincji. W 1821 uchwalono nową konstytucję masońską, jednak po 1823 masoneria znów została poddana prześladowaniom, gremiolusitano.eu [dostęp: 20 stycznia 2011] . Triumf wolnomularzy nastąpił w 1834, gdy niektórzy z nich objęli funkcje rządowe. Rozpoczął się okres rozkwitu masonerii, który trwał do 1926, gremiolusitano.eu [dostęp: 20 stycznia 2011] .