Struktura organizacyjna W roku 1991, Nadbużańskiemu Oddziałowi Straży Granicznej podlegały: Strażnica SG w Lubyczy Królewskiej im. mjr. Tadeusza Kuncewicza (do 2.03.2001) Strażnica SG w Łaszczowie (od 5.05.1994–24.08.2005) Strażnica SG w Dołhobyczowie Strażnica SG w Hrubieszowie Strażnica SG w Dorohusku Strażnica SG w Zbereżu (od 27.11.1992–24.08.2005) Strażnica SG we Włodawie Strażnica SG w Sławatyczach Strażnica SG w Terespolu Strażnica SG w Janowie Podlaskim Graniczna Placówka Kontrolna SG w Hrubieszowie Graniczna Placówka Kontrolna SG w Hrebennem Graniczna Placówka Kontrolna SG w Dorohusku Graniczna Placówka Kontrolna SG w Sławatyczach (21.01.1995–24.08.2005) Graniczna Placówka Kontrolna SG w Terespolu.
Od roku 2003, funkcjonowanie Nadbużańskiego Oddziału Straży Granicznej regulowało Zarządzenie nr 31 Komendanta Głównego Straży Granicznej z dnia 16 września 2003 roku w sprawie nadania regulaminu organizacyjnego Komendzie Nadbużańskiego Oddziału Straży Granicznej im. 27 Wołyńskiej Dywizji Armii Krajowej w Chełmie (Dz. Urz. KGSG Nr 4, poz. 37) z późniejszymi zmianami.