Od 24 sierpnia 2005 w miejsce dotychczas funkcjonujących strażnic oraz granicznych placówek kontrolnych utworzono placówki Straży Granicznej. Funkcjonariusze i pracownicy pełniący służbę i zatrudnieni w strażnicach oraz granicznych placówkach kontrolnych Straży Granicznej stali się odpowiednio funkcjonariuszami i pracownikami placówek Straży Granicznej.
Od 14 kwietnia 2014 funkcjonowanie Nadbużańskiego Oddziału Straży Granicznej reguluje Zarządzenie nr 45 Komendanta Głównego Straży Granicznej z dnia 11 kwietnia 2014 w sprawie nadania regulaminu organizacyjnego Komendzie Nadbużańskiego Oddziału Straży Granicznej imienia 27 Wołyńskiej Dywizji Armii Krajowej w Chełmie (Dz. Urz. 2014.43).
Komendą Oddziału kieruje Komendant Oddziału przy pomocy zastępców Komendanta Oddziału, głównego księgowego oraz kierowników komórek organizacyjnych komendy oddziału.
W skład komendy oddziału wchodzą komórki organizacyjne, o których mowa poniżej oraz Zespół Stanowisk Samodzielnych.
Zespół Stanowisk Samodzielnych, w skład którego wchodzą radca prawny i kapelan, jest bezpośrednio nadzorowany przez Komendanta Oddziału.