W 1835 roku na prawym brzegu Wisły wzniesiono fort Śliwickiego, pełniący funkcję bardzo silnego przedmościa.
Przy pracach zatrudniono siłę roboczą sprowadzaną z Rosji, zarówno żołnierzy, jak i chłopów. Na budowie pracowało do 2 tys. robotników dziennie. Na potrzeby fortyfikacji wyburzono 76 domów, zajęto ponad 64 tys. posesji oraz wysiedlono do 15 tys. okolicznych mieszkańców.
4 maja 1834 dokonano uroczystego otwarcia twierdzy. W Cytadeli umieszczono Komisję Śledczą przy naczelnym Dowódcy Armii Czynnej i Naczelniku Królestwa Polskiego, będącą centralnym organem śledczym przestępstw politycznych w Królestwie Polskim Archiwum Główne Akt Dawnych, Nr zespołu: 241 / 0 Karta: A opis zespołu.. W latach 1834–1835 na terenie Cytadeli wzniesiono cerkiew św. Aleksandra Newskiego.
Ostatecznie ciągle wznawiane prace modernizacyjne zakończono w roku 1874. Całkowity koszt budowy wyniósł 11 milionów rubli (czyli 8,5 tony czystego złota), pożyczonych bezzwrotnie z kasy miejskiej Warszawy i Banku Polskiego. Ten drenaż pogorszył sytuację ekonomiczną Królestwa Kongresowego i był jeszcze jedną karą za powstanie.