W czasie pokoju stacjonowało tam 5 tys. żołnierzy, ale np. w czasie powstania styczniowego w 1863 garnizon wzrósł aż do 16 tys. W 1837 wyposażona była w 217 dział, w 1843 miała ich już 247, a w 1863 aż 555. W ich zasięgu (1500 m) znajdowały się całe Stare i Nowe Miasto. Wokół cytadeli wybudowano 104 kazamaty więzienne mogące pomieścić do 2940 ludzi. thumb|Makieta Cytadeli w Muzeum X Pawilonu Cytadeli Warszawskiej thumb|Brama Straceń thumb|Mur Carnota w fosie twierdzy thumb|Kaponiera pierwszego bastionu, siedziba Muzeum Katyńskiego thumb|Symboliczny cmentarz przy Bramie Straceń Na jej stokach straceni zostali bojownicy o niepodległość, m.in. Romuald Traugutt, Stanisław Kunicki, Piotr Bardowski, Marcin Kasprzak, Stefan Aleksander Okrzeja, Henryk Baron, Michał Ossowski i wielu innych. Symboliczne groby zgładzonych na cytadeli znalazły się na cmentarzu przy Bramie Straceń.
Powstanie Cytadeli zablokowało rozbudowę Warszawy w kierunku północnym a koszty jej budowy przez lata obciążały budżet miasta, co uniemożliwiło realizację innych inwestycji.